Phún xạ magnetron là quá trình va chạm giữa hạt tới và bia, hạt tới trải qua quá trình tán xạ phức tạp trong bia, va chạm với nguyên tử bia, truyền một phần động lượng cho nguyên tử bia, nguyên tử bia này lại va chạm với các nguyên tử bia khác, tạo thành quá trình tầng. Trong quá trình tầng này, một số nguyên tử bia gần bề mặt có được đủ động lượng chuyển động ra ngoài, rời khỏi bia bị phún xạ ra, cuối cùng thu được lớp phủ mỏng chặt chẽ lắng đọng với cấu trúc và thành phần mong muốn.